Quan utilitzeu equips de desnitrificació SCR, s'han d'observar els passos següents:
1) Abans de començar, comproveu que tots els components del sistema funcionen correctament, especialment el sistema d'injecció d'amoníac i el catalitzador;
2) Ajusteu la velocitat d'injecció d'amoníac segons el cabal de gasos de combustió i la concentració de NOx, controlant el lliscament d'amoníac per sota de 3 ppm;
3) Controlar regularment l'activitat del catalitzador. Quan l'eficiència de desnitrificació cau per sota del 85%, considereu substituir o regenerar el catalitzador;
4) Quan s'apaga, atureu primer la injecció d'amoníac i, a continuació, apagueu el sistema. S'ha de prestar especial atenció al risc de fuites d'amoníac durant el funcionament; s'ha de disposar d'un sistema complet d'alarma i resposta a emergències.